親子判定に苦戦中だ。
これの解析にはいくつかあるのだが、
現在とりくんでいるのは、解析する子供の親候補が雄、雌ともに複数であり、
かつ親は1個体しかDNAを回収できていない状態の野外卵塊の父子判定
こっちとしては、その唯一DNAを回収した1個体の父性割合と
どれくらいスニーカーが関わっているかが知りたいわけだ。
で、一つ目のDNAを回収した個体の父性は
子供との遺伝子の共有の有無を確認することでなんとかなるのだが、
問題は、どのくらいのスニーカーが関わっているかについてだ。
これには
Colonyというソフトウェアがいいとの情報から、
ここ最近はずっとこれに取り組んでいたのだが、これがなかなか上手くいかない。
DNA情報が分かっている親個体の情報も追加入力できるのだが、
バンドを共有していない個体と親子関係があるという結果が出るは
挙句の果てにはエラーが出て、結果のファイルを送ってくれなどと出る。
ただのエラー報告だろうけど、しょうがないから宛名も着けず、
表示されたアドレスにそのファイルを送った。
すると、次の日にColonyの開発者から
バグを直したので、新バージョンを送ってあげるとの丁寧な返事が。
これはチャンスと思い、結果のおかしな点について質問すると、
すぐさま的確なアドバイスが返ってきた。
解析の際に、良かれと思って少ない個体数（50個体ほど）だが、
野外個体群のアリル頻度のデータも追加情報として入力していたのだが、
どうも、これに出てきたアリルが子供にほとんど無かったのが解析ミスの原因だとのこと。
で今度はアリル頻度データ無しで再解析するとあっさりと解決。
いろいろと扱いが難しいところもあるソフトだけど
開発者はとても良い人だというのは重要なポイント。
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