NoriyosiBlog

出先から帰ってきたらメールにてお達しが。

なんと今回の科研費申請から学振PDも応募してOKとのこと。
ボスと同僚と申請についてくだらない話で盛り上がる。

相変わらずボスのTさんは適当で
若手Aに応募しろとか無茶なことを言ってくる。
業績足りないですよと返しても、足りない業績はコピペすれば、
ばれないんじゃないなんて酷いことを言ってくる。

まぁ、それでもなんか話していると、若手Aいってみるか
という気になってくるから不思議なもの。

デカイ話をぶち上げようぜなんてワイワイやっていたが、
でも、若手Aに当たっている人ってどんなんという事になり
調べてみると、ビックネームしかいない・・・

先ほどまでの熱気もどこへやらですよ。
そして、それをみて「よし、あきらめよう！」と判断の早いTさん。

今日もうちの研究室は楽しくやっとります。

学生から論文について質問を受けた。
カニバリズムと兄弟間の血縁度についてのことだった。

で、まぁそれば無事に解決したのだが、
隣で話を聞いてた同僚が話しに加わってきた。
どうやら血縁度についてちょっとした疑問があったらしい。
彼の疑問は自家受精した場合の親子の血縁度はどれくらいなのというもの。

いつものように浅い考えの自分は脊髄反射のごとく１なんじゃないのと返したが、
じっくり考えると、そうではない気がしてきた。

そんなときに大活躍したのが、今年になって院生部屋に取り付けたホワイトボードだ。
3人で1時間強、ああでもない、こうでもないと計算しながら、
なんとか納得できる結論に達することが出来た。

血縁度の計算なんか久々だったが、行動生態をやっている感じがしていいね。
ちなみに我らの結論では分裂した場合は１で、自家受精は0.75になって
みんな大満足で帰ってきたんだが、これであっているよね？

今年も一日中、輪紋を数える作業がはじまったよ！

久々に日齢査定するとやっぱり感覚が忘れているもので、
どのラインを読めばいいか思い出すまでそこそこ時間がかかった。

低倍率で綺麗に見えているラインも
高倍率になるといろんなラインが見えてくるから本当に厄介だ。
顕微鏡の焦点距離をちょっと変えるだけでラインが簡単に分裂する。

しかし、去年もすでに200個体近くカウントしているので、
今回はどのラインを見ればいいかすぐに定まった。
日齢査定に必要なのは経験というのは本当だと思う。

レイトショーでパシフィックリムを見てきた。

適当につけたテレビでプロモーションをやっており、
監督が日本の特撮、ロボットものの大ファンだとか。

ロボットアニメは結構見てるし、特撮はそれほど見てはいないが、
昔はそこそこゴジラ映画にはまっていたこともあり
久々に映画で見たい作品だった。

怪獣と巨大ロボががっつり殴りあう最高にアツい作品だった。
重厚感たっぷりの格闘シーン。
センスのいい巨大ロボのデザイン。
見ていて映像に興奮するとともに、なんかニヤニヤしてしまった。

で、とてもアツい感想がここに書いてあった。
そして、言い表しがたい興奮の理由が分かった。
この映画には特撮愛・ロボット愛に溢れていた。

久々にゴジラが見たくなった。
デストロイアまでしか見てないから、ミレニアムゴジラはまだ見ていないんだよな。
ガメラもかなり面白いらしいし。

森の分子生態学2 (種生物学研究)

遺伝マーカーを使った父子判定。
昔は電気泳動でバンドを読んでいたが、
今はApplied BioのDNA Analyzerのフラグメント解析を使っている。

バンドが波形となり、ピークを読むことでジェノタイピングするのだが、
この読み方がなかなか難しい。
ハリネズミのように何個も山が出来たり、ピークの高さにムラがあったり。
そんな判別しにくいプライマーなんか使わなければいいじゃないなんて思うかもしれないけど、
お金とか時間とか制約はいろいろあるものでねぇ。
これでなんとかしたい場合もあるんですよ。

で、このピークの見方は数年前に当時のポスドクの方に教えてもらって以来、
なんとなくでこれまでやってきたのだが、ちょっと前に出たこの本に
これが結構親切に解説されてあったのだ。

中でも、最も今の自分が欲しかった情報がセミヌルについて。
フラグメント解析では一般に、ヘテロの場合、
短いバンドの方がピークが高くなるとされていたが、
たまに、短いバンドの方でもピークが低くなってしまうことが見られて、
これの扱いをどうしようか悩んでいた。
どうやらこれはヌルアリルとまではいかないが増幅が上手くいかない
セミヌルアリルである可能性が高いとのこと。

なるほど、そういうわけか。
本ではできればそのようなバンドが出るプライマーを使わないのが一番だが、
どうしてもという時は、アニーリング温度を上げていっそのことヌルとして扱う、
逆に温度を下げて検出し易いようにするのも手だと教えてくれた。

実は単一の雌から生まれた子供のジェノタイピングをしたら、
一つのプライマーだけ、矛盾する結果。
つまり、片方のバンドは一つの雌由来なので、
多くとも二つのアリルはすべての子が共有しているはずなのに
複数のアリルが検出されてしまったのだ。
しかし、この情報を元にジェノタイピングをやり直すと
綺麗な結果が出てきたわけだ。

こういう時に親情報が分かっているバッチのジェノタイピングは
怪しいプライマーの有効性の検証に使えるのでいいということを知った。



この本は２が着いているので分かると思うが、当然１も存在している。

森の分子生態学―遺伝子が語る森林のすがた (種生物学研究 (第23号))

自分が持っていたのはこっちのほうだったが、
出版されたのはすでに10年以上も前。
発展著しい分子生物学の分野ではすでに使えない情報が多くなってきている。
もうしばらくすると、２の方もすでにあまり使わない手法だらけになってしまうのかもしれない。